离职我因为家有急事,急需辞工。在办理…

离职我因为家有急事,急需辞工。在办理手续时公司要扣1000元钱,原因是我进公司时签过一份协议,如果在厂没有满一年急辞工扣款1000元的协议。请问这合法吗?我该怎么办?